خوب تغییر رمز رو از طریق دیتابیس بلد هستین و با اون روش باز اجازه دسترسی نداده پس کد های PHP سایت به احتمال زیاد عوض شده .
1- به نظر من قبل از هر کاری یه بک آپ از وضعیت فعلی بگیرین که اگه خرابکاری شد بتونین برگردونین تو سیپنل میتونید کل فول بک آپ هاست رو بگیرید و یا اینکه از کل فولدر Public_html فشرده کنید و تو یه فایل Zip بذارید.
2- یه نسخه سالم جوملا دانلود کنید و فولدر های Administrator و Pluging و Modules رو تو هاست Overwrite کنید (بهتره اول تو کامپیوتر لوکال این 3 فولدر رو ZIP کنید بعد اون فایل فشرده رو آپلود کنید و تو ریشه اکسترکت کنید خودش Overwrite میشه)
به احتمال زیاد درست میشه ، اگه نشد پس از طرف هاستینگ یه محدودیتی برای شما هست.