به نظر میاد قالب رو با فریم وورک zo2 درست کردی. اگر روی قالب پیشفرض جوملا این مشکل رو نداری مطمئنا ایراد از قالب هست.
ممکنه layout های کامپوننت جستجو در قالب بروز نشده باشه. داخل پوشه templates/TEMPLATENAME/html رو چک کن ببین layout کامپوننت جستجو رو می بینی یا نه. اگر هست rename کن و مجدد تست کن. وقتی rename می کنی دیگه اون lauout رو نمیخونه و از layout اصلی کامپوننت استفاده می کنه.
و توصیه ام اینه که حتما به جوملا 4 مهاجرت کنی. حتما سئو بهتری داری و هم سرعت بیشتر.